Πρόγραμμα Εξειδίκευσης στη Θαλάσσια Βιοπληροφορική
Αυτό το πρόγραμμα εξειδίκευσης σας προετοιμάζει να αναλύετε τους μεγάλους όγκους γονιδιωματικών δεδομένων που παράγει σήμερα η θαλάσσια έρευνα. Θα μάθετε να εργάζεστε στη γραμμή εντολών του Linux, να προγραμματίζετε σε Python και R, να συναρμολογείτε και να σχολιάζετε γονιδιώματα θαλάσσιων οργανισμών, να αναλύετε μεταγονιδιώματα και μεταγραφώματα, να χρησιμοποιείτε τις κύριες βιολογικές βάσεις δεδομένων και να χτίζετε αναπαραγώγιμες ροές εργασίας, με παραδείγματα εφαρμοσμένα στη μικροβιολογία, τη βιοποικιλότητα, την υδατοκαλλιέργεια και τη βιοαναζήτηση.
Έλεγχος προηγούμενων γνώσεων
Αυτές είναι οι δεξιότητες που αποκτάτε με το πρόγραμμα. Σημειώστε όσες ήδη κατέχετε και θα σας πούμε ποιο μέρος της ύλης σας αφορά.
Ξεκινάτε από το μηδέν σε αυτό το αντικείμενο. Το πρόγραμμα έχει σχεδιαστεί ακριβώς γι' αυτό.
Τι είναι το πρόγραμμα «Πρόγραμμα Εξειδίκευσης στη Θαλάσσια Βιοπληροφορική»;
Αυτό το πρόγραμμα εξειδίκευσης σας προετοιμάζει να αναλύετε τους μεγάλους όγκους γονιδιωματικών δεδομένων που παράγει σήμερα η θαλάσσια έρευνα. Ξεκινώντας από το μηδέν, θα μάθετε να εργάζεστε στη γραμμή εντολών του Linux και σε απομακρυσμένους διακομιστές, να προγραμματίζετε σε Python και R με Biopython, pandas και Bioconductor, και να χειρίζεστε δεδομένα αλληλούχησης και δημόσιες βάσεις δεδομένων. Στη συνέχεια θα συναρμολογείτε, θα σχολιάζετε και θα συγκρίνετε γονιδιώματα θαλάσσιων μικροοργανισμών, ψαριών και ασπόνδυλων, θα χαρακτηρίζετε μικροβιακές κοινότητες με μεταγονιδιωματική, θα ποσοτικοποιείτε τη γονιδιακή έκφραση με μεταγραφωμική και θα τα οργανώνετε όλα σε τεκμηριωμένες, επαναχρησιμοποιήσιμες ροές εργασίας.
Τι κάνει αυτό το πρόγραμμα να ξεχωρίζει: προγραμματισμός από το μηδέν, με Linux, Python και R προσανατολισμένα στα βιολογικά δεδομένα· πραγματικά θαλάσσια δεδομένα, με γονιδιώματα, μεταγονιδιώματα και μεταγραφώματα από δημόσια έργα· ανοιχτά εργαλεία, το τυπικό λογισμικό που χρησιμοποιείται σε εργαστήρια σε όλο τον κόσμο· αναπαραγωγιμότητα, με διαχειριστές ροών εργασίας, περιβάλλοντα λογισμικού και έλεγχο εκδόσεων· και μια πρακτική περίπτωση στην οποία εκπονείτε μια πλήρη βιοπληροφορική ανάλυση από την αρχή ως το τέλος.
Βασικά χαρακτηριστικά του προγράμματος
- Προγραμματισμός από το μηδέν: Linux, Python και R για βιολογικά δεδομένα.
- Πραγματικά θαλάσσια δεδομένα: γονιδιώματα, μεταγονιδιώματα και μεταγραφώματα από δημόσια έργα.
- Ανοιχτά εργαλεία: το τυπικό λογισμικό των εργαστηρίων σε όλο τον κόσμο.
- Αναπαραγωγιμότητα: διαχειριστές ροών εργασίας, containers και έλεγχος εκδόσεων.
- Δεδομένα FAIR: μεταδεδομένα, πρότυπα και υπεύθυνη δημοσίευση γενετικών δεδομένων.
- Πρακτική περίπτωση: πλήρης βιοπληροφορική ανάλυση από την αρχή ως το τέλος.
Πρόγραμμα σπουδών: Πρόγραμμα Εξειδίκευσης στη Θαλάσσια Βιοπληροφορική
8 ενότητες. Επιλέξτε μια ενότητα για να δείτε το περιεχόμενό της.
Linux και υπολογιστικά περιβάλλοντα
- 1.1. Σύστημα αρχείων και βασικές εντολές
- 1.2. Χειρισμός αρχείων κειμένου
- 1.3. Σενάρια Bash
- 1.4. Διαχείριση πακέτων με Conda
- 1.5. Διακομιστές και απομακρυσμένη σύνδεση
- 1.6. Συστήματα ουρών εργασιών
- 1.7. Υπολογιστικό νέφος
- 1.8. Καλές πρακτικές οργάνωσης
Προγραμματισμός σε Python και R
- 2.1. Τύποι και δομές δεδομένων
- 2.2. Ροή ελέγχου και συναρτήσεις
- 2.3. Ανάγνωση βιολογικών μορφότυπων
- 2.4. Biopython
- 2.5. Πίνακες δεδομένων με pandas
- 2.6. R και Bioconductor
- 2.7. Βασική στατιστική
- 2.8. Οπτικοποίηση δεδομένων
Δεδομένα αλληλούχησης και βάσεις δεδομένων
- 3.1. Πλατφόρμες αλληλούχησης
- 3.2. Μορφότυποι FASTA και FASTQ
- 3.3. Ποιοτικός έλεγχος αναγνώσεων
- 3.4. Βάσεις δεδομένων αλληλουχιών
- 3.5. Βάσεις δεδομένων πρωτεϊνών
- 3.6. Αποθετήρια θαλάσσιων δεδομένων
- 3.7. Μεταδεδομένα και πρότυπα
- 3.8. Λήψη και διαχείριση δεδομένων
Γονιδιωματική θαλάσσιων οργανισμών
- 4.1. Συναρμολόγηση γονιδιωμάτων
- 4.2. Σύντομες και μακριές αναγνώσεις
- 4.3. Αξιολόγηση συναρμολογήσεων
- 4.4. Σχολιασμός γονιδίων
- 4.5. Συγκριτική γονιδιωματική
- 4.6. Φυλογονιδιωματική
- 4.7. Γονιδιώματα μικροοργανισμών
- 4.8. Γονιδιώματα ψαριών και ασπόνδυλων
Θαλάσσια μεταγονιδιωματική
- 5.1. Μεταγραμμωτοποίηση έναντι μεταγονιδιωματικής
- 5.2. Συναρμολόγηση μεταγονιδιωμάτων
- 5.3. Γονιδιώματα από μεταγονιδιώματα (MAGs)
- 5.4. Ταξινομικά προφίλ
- 5.5. Λειτουργικά προφίλ
- 5.6. Συστάδες γονιδίων βιοσύνθεσης
- 5.7. Ποικιλότητα και στατιστική
- 5.8. Ωκεάνια έργα αναφοράς
Μεταγραφωμική και πρωτεωμική
- 6.1. Σχεδιασμός πειραμάτων έκφρασης
- 6.2. Στοίχιση και ποσοτικοποίηση
- 6.3. Διαφορική έκφραση
- 6.4. Συναρμολόγηση μεταγραφώματος de novo
- 6.5. Ανάλυση λειτουργικού εμπλουτισμού
- 6.6. Απόκριση σε περιβαλλοντικό στρες
- 6.7. Εισαγωγή στην πρωτεωμική
- 6.8. Ενοποίηση δεδομένων -ωμικής
Αναπαραγώγιμες ροές εργασίας
- 7.1. Έλεγχος εκδόσεων με Git
- 7.2. Διαδραστικά σημειωματάρια
- 7.3. Διαχειριστές ροών εργασίας
- 7.4. Containers λογισμικού
- 7.5. Τεκμηρίωση αναλύσεων
- 7.6. Αρχές FAIR
- 7.7. Δημοσίευση δεδομένων
- 7.8. Ηθική και γενετικά δεδομένα
Πρακτική περίπτωση: θαλάσσια βιοπληροφορική ανάλυση
- 8.1. Διατύπωση του ερωτήματος
- 8.2. Λήψη των δεδομένων
- 8.3. Ποιοτικός έλεγχος
- 8.4. Κύρια ανάλυση
- 8.5. Στατιστική ανάλυση
- 8.6. Οπτικοποίηση
- 8.7. Βιολογική ερμηνεία
- 8.8. Παρουσίαση της περίπτωσης
Διάρκεια και μορφή: Πρόγραμμα Εξειδίκευσης στη Θαλάσσια Βιοπληροφορική
Πρόκειται για 800 ώρες. Πείτε μας πόσες μπορείτε να αφιερώνετε κάθε εβδομάδα και θα σας πούμε πότε θα ολοκληρώσετε πραγματικά.
Με αυτόν τον ρυθμό ολοκληρώνουν οι περισσότεροι σπουδαστές. Ταιριάζει καλά με το πρόγραμμα δόσεων.
Ακαδημαϊκή διεύθυνση και διδακτικό προσωπικό
Η διδακτική ομάδα του Navalis: εν ενεργεία επαγγελματίες που διδάσκουν και εποπτεύουν τα προγράμματα.
Δρ. Marina AlcoverΑκαδημαϊκή διευθύντρια και υπεύθυνη διασφάλισης ποιότητας
Μηχ. Diego CifuentesΤακτικός καθηγητής Ναυτικής Συγκόλλησης και Μη Καταστροφικών Ελέγχων· υπεύθυνος QA/QC συγκολλητών συνδέσεων
Πλοίαρχος Javier Abaroa (MCA)Τακτικός καθηγητής Χειρισμού Πλοίου, Ηλεκτρονικής Ναυσιπλοΐας (ECDIS/Radar/ARPA) και GMDSS· συντονιστής συμμόρφωσης με τη STCW και διαχείρισης πόρων γέφυρας
Δρ. Pau FerrerΤακτικός καθηγητής Ναυπηγικής και Προσομοίωσης· διευθυντής του Εργαστηρίου Υδροδυναμικής και CFD
Δρ. Nuria LlobregatΤακτική καθηγήτρια Ναυτικής Μετεωρολογίας, SAR και Επιχειρησιακής Ασφάλειας· συντονίστρια διαχείρισης κινδύνων ναυσιπλοΐας
Μηχ. Javier BañulsΤακτικός καθηγητής Ηλεκτρολογίας, Αυτοματισμού και Μηχανικής ETO· συντονιστής ηλεκτρονικής ολοκλήρωσης και συναγερμών μηχανοστασίου
Μηχ. Sofía MarquinaΤακτική καθηγήτρια Υλικών, Σύνθετων Υλικών και Αντιδιαβρωτικής Προστασίας· συντονίστρια του τομέα προηγμένων χρωμάτων και επικαλύψεων
Μηχ. Tomás RieraΤακτικός καθηγητής Πρόωσης, Εναλλακτικών Μορφών Ενέργειας και Υβριδικών Συστημάτων· συντονιστής ενεργειακής απόδοσης και κραδασμώνΣτόχοι του προγράμματος «Πρόγραμμα Εξειδίκευσης στη Θαλάσσια Βιοπληροφορική»
Επαγγελματικές προοπτικές μετά το πρόγραμμα «Πρόγραμμα Εξειδίκευσης στη Θαλάσσια Βιοπληροφορική»
Ερωτήσεις για το πρόγραμμα «Πρόγραμμα Εξειδίκευσης στη Θαλάσσια Βιοπληροφορική»
Όχι. Το πρόγραμμα ξεκινά από το μηδέν με Linux, Python και R.
Όχι. Οι βαριές αναλύσεις εκτελούνται σε απομακρυσμένα υπολογιστικά περιβάλλοντα, που εξηγούνται κατά τη διάρκεια του προγράμματος.
Ναι. Χρησιμοποιείτε δημόσια δεδομένα από έργα θαλάσσιας αλληλούχησης.
Ναι. Τα εργαλεία είναι γενικά, αν και τα παραδείγματα εστιάζουν σε θαλάσσιους οργανισμούς.
Μια πλήρης βιοπληροφορική ανάλυση, από τη λήψη των δεδομένων έως τη βιολογική τους ερμηνεία και παρουσίαση.
Εξ ολοκλήρου online, μέσω ενός εικονικού campus διαθέσιμου 24/7, με ζωντανές συνεδρίες που μαγνητοσκοπούνται και καθοδήγηση από την εκπαιδευτική ομάδα.
Το πρόγραμμα εξειδίκευσης διεξάγεται online και περιλαμβάνει 800 ώρες μελέτης σε 8 ενότητες των περίπου 100 ωρών η καθεμία, και ολοκληρώνεται με μια πρακτική περίπτωση στην οποία εφαρμόζετε όσα μάθατε σε μια πλήρη βιοπληροφορική ανάλυση.
Περισσότερα προγράμματα: Βιολογία και διατήρηση
Διαδικασία εισαγωγής
Χωρίς αναμονή για τηλεφωνική επικοινωνία. Αν τα δικαιολογητικά σας είναι εντάξει, μπορείτε να εγγραφείτε στην ίδια συνεδρία.
- Προφίλ: απευθύνεται σε αποφοίτους βιολογίας, θαλάσσιων επιστημών ή βιοτεχνολογίας που θέλουν να μάθουν βιοπληροφορική, τεχνικούς εργαστηρίου που παράγουν δεδομένα αλληλούχησης, ερευνητές που χρειάζεται να αναλύουν τα δικά τους γονιδιωματικά δεδομένα, επιστήμονες πληροφορικής και δεδομένων με ενδιαφέρον για τις επιστήμες της ζωής, και επαγγελματίες της υδατοκαλλιέργειας και της βιοτεχνολογίας που εργάζονται με εφαρμοσμένη γονιδιωματική. Συνιστάται πτυχίο βιολογίας, θαλάσσιων επιστημών, βιοτεχνολογίας, βιοχημείας, πληροφορικής, μαθηματικών ή συναφούς πεδίου, ή επαγγελματική εμπειρία σε εργαστήριο ή στην ανάλυση δεδομένων.
- Γλώσσα: επαρκής γνώση της ελληνικής για την παρακολούθηση των μαθημάτων και της τεχνικής τεκμηρίωσης.
- Τεχνικά μέσα: υπολογιστής με σταθερή σύνδεση στο διαδίκτυο, ενημερωμένο πρόγραμμα περιήγησης και κάμερα για τις ζωντανές συνεδρίες και τις παρουσιάσεις εργασιών.
- Εγγραφή: online αίτηση, αξιολόγηση του προφίλ σας και σύντομη συνέντευξη με την ακαδημαϊκή ομάδα.
- 01ΑίτησηΤα στοιχεία σας, το υπόβαθρό σας και τα δικαιολογητικά σας.
- 02Άμεσος έλεγχοςΕλέγχουμε ότι όλα είναι πλήρη και εντάξει.
- 03ΕγγραφήΕπιλέξτε εφάπαξ πληρωμή ή δόσεις και κλείστε τη θέση σας.
Η εισαγωγή είναι προσωρινή έως ότου η επιτροπή επικυρώσει τα δικαιολογητικά που υποβλήθηκαν. Αν δεν πληροίτε τις προϋποθέσεις, σας επιστρέφεται ολόκληρο το ποσό.
Ρωτήστε μας πριν εγγραφείτε
Αφήστε τα στοιχεία σας και το τμήμα εισαγωγής θα σας γράψει για να λύσει κάθε απορία σας. Αν έχετε ήδη αποφασίσει, μπορείτε να κάνετε αίτηση και να πληρώσετε στην ίδια συνεδρία.