Fagdiplom i havgenomikk og miljø-DNA (eDNA)
Dette fagdiplomet gjør deg i stand til å bruke genomikk og miljø-DNA (eDNA) som verktøy for å studere og overvåke livet i havet. Du lærer å utforme prøvetaking av vann og sedimenter, hindre kontaminering av prøvene, anvende metastrekkoding og kvantitativ PCR, behandle sekvenseringsdata og tolke resultatene med varsomhet, med bruksområder innen overvåking av biologisk mangfold, påvisning av fremmede eller fredede arter, fiskeriforvaltning og miljøvurdering.
Sjekk av forkunnskaper
Dette er ferdighetene programmet gir deg. Kryss av for dem du allerede behersker, så forteller vi deg hvilken del av pensum som er for deg.
Du starter fra bunnen av i dette faget. Programmet er laget nettopp for det.
Hva er Fagdiplom i havgenomikk og miljø-DNA (eDNA)?
Dette fagdiplomet gjør deg i stand til å lese havets biologiske mangfold i det genetiske fotavtrykket. Du lærer det grunnleggende om DNA, genetiske markører, sekvenseringsteknologier, referansegenomer og sekvensdatabaser, hvordan eDNA oppstår, brytes ned og transporteres i vann og sedimenter, hvordan du utformer feltprøvetaking med riktige kontroller og forebygging av kontaminering, hvordan DNA ekstraheres, amplifiseres og klargjøres for høykapasitetssekvensering, hvordan sekvenslesinger filtreres, grupperes i ASV-er og tildeles taksonomi med åpne verktøy, og hvordan påvisninger, falske positiver og mengde tolkes for marin forvaltning.
Dette skiller fagdiplomet fra andre: dekning av hele arbeidsflyten, fra felt og laboratorium til bioinformatikk og tolkning; fokus på en teknikk i rask vekst som bygges inn i overvåkingsprogrammer over hele verden; praktisk bioinformatikk med behandling av sekvenslesinger og taksonomisk tildeling med åpne verktøy; et kritisk blikk på begrensninger, skjevheter og anbefalte metoder for tolkning av resultater; en grundig oppbygning i åtte moduler fra genomikkens grunnlag til bruk i forvaltningen; og en praktisk case der du utformer en komplett marin eDNA-studie.
Høydepunkter i programmet
- Fra prøve til data: hele arbeidsflyten i felt, laboratorium, bioinformatikk og tolkning.
- Teknikk i rask vekst: eDNA bygges inn i overvåkingsprogrammer over hele verden.
- Praktisk bioinformatikk: behandling av sekvenslesinger og taksonomisk tildeling med åpne verktøy.
- Kritisk blikk: begrensninger, skjevheter og anbefalte metoder for tolkning.
- Bruk i forvaltningen: biologisk mangfold, fremmede arter, fiskeri og konsekvensutredning.
- Praktisk case: komplett utforming av en marin eDNA-studie.
Studieplan for Fagdiplom i havgenomikk og miljø-DNA (eDNA)
8 moduler. Velg en modul for å se innholdet.
Grunnleggende marin genomikk
- 1.1. DNA, gener og genomer
- 1.2. Genetiske markører
- 1.3. Sekvenseringsteknologier
- 1.4. Marine referansegenomer
- 1.5. Sekvensdatabaser
- 1.6. DNA-strekkoding
- 1.7. Populasjonsgenomikk
- 1.8. Etikk og bruk av genetiske data
Miljø-DNA i havet
- 2.1. Hva miljø-DNA er
- 2.2. Opprinnelse og nedbrytning av eDNA
- 2.3. Transport av eDNA i vann
- 2.4. eDNA i sedimenter
- 2.5. Miljø-RNA
- 2.6. Sammenligning med tradisjonelle metoder
- 2.7. Fordeler og begrensninger
- 2.8. Teknikkens status i dag
Utforming av prøvetaking og feltarbeid
- 3.1. Studiens mål og spørsmål
- 3.2. Romlig og tidsmessig design
- 3.3. Filtrering av vann
- 3.4. Prøvetaking av sedimenter
- 3.5. Automatiske prøvetakere
- 3.6. Feltkontroller
- 3.7. Forebygging av kontaminering
- 3.8. Konservering og transport
Laboratorieteknikker
- 4.1. Organisering av laboratoriet
- 4.2. DNA-ekstraksjon
- 4.3. Valg av primere
- 4.4. PCR og metastrekkoding
- 4.5. Kvantitativ og digital PCR
- 4.6. Bibliotekspreparering
- 4.7. Høykapasitetssekvensering
- 4.8. Kontroller og replikater
Bioinformatikk for eDNA
- 5.1. Dataformater for sekvensering
- 5.2. Kvalitetskontroll av sekvenslesinger
- 5.3. Fjerning av feil og kimærer
- 5.4. Amplikonsekvensvarianter (ASV-er)
- 5.5. Taksonomisk tildeling
- 5.6. Referansedatabaser og hullene i dem
- 5.7. Mangfoldsanalyse
- 5.8. Reproduserbare arbeidsflyter
Analyse og tolkning av resultater
- 6.1. Påvisning og manglende påvisning
- 6.2. Falske positiver og negativer
- 6.3. Okkupasjonsmodeller
- 6.4. Sammenheng med mengde
- 6.5. Sammenligning mellom prøver
- 6.6. Visualisering av resultater
- 6.7. Usikkerhet
- 6.8. Formidling av resultater
Bruk i marin forvaltning
- 7.1. Overvåking av biologisk mangfold
- 7.2. Tidlig påvisning av fremmede arter
- 7.3. Sjeldne og fredede arter
- 7.4. Fiskeriforvaltning
- 7.5. Overvåking av marine verneområder
- 7.6. Konsekvensutredning for miljø
- 7.7. Overvåking i havner og av ballastvann
- 7.8. Standardisering og protokoller
Praktisk case: marin eDNA-studie
- 8.1. Definisjon av målet
- 8.2. Valg av lokaliteter
- 8.3. Prøvetakingsplan
- 8.4. Laboratorieprotokoll
- 8.5. Bioinformatikkplan
- 8.6. Dataanalyse
- 8.7. Tolkning og anbefalinger
- 8.8. Presentasjon av studien
Varighet og format for Fagdiplom i havgenomikk og miljø-DNA (eDNA)
Programmet er på 800 timer. Fortell oss hvor mange timer du kan studere i uken, så sier vi deg når du faktisk blir ferdig.
Dette er tempoet de fleste studentene fullfører i. Det passer godt med delbetalingsplanen.
Faglig ledelse og fagstab
Undervisningsteamet i Navalis: yrkesaktive fagfolk som underviser og veileder i programmene.
Dr. Marina AlcoverFaglig leder og leder for kvalitetssikring
Siv.ing. Diego CifuentesFørstelektor i skipssveising og ikke-destruktiv testing; leder for QA/QC av sveiseforbindelser
Kapt. Javier Abaroa (MCA)Førstelektor i skipsmanøvrering, elektronisk navigasjon (ECDIS/radar/ARPA) og GMDSS; koordinator for STCW-etterlevelse og ressursstyring på broen
Dr. Pau FerrerFørstelektor i skipsteknikk og simulering; leder for Laboratoriet for hydrodynamikk og CFD
Dr. Nuria LlobregatFørstelektor i maritim meteorologi, SAR og operasjonell sikkerhet; koordinator for risikostyring i navigasjon
Siv.ing. Javier BañulsFørstelektor i elektroteknikk, automasjon og ETO-ingeniørfag; koordinator for elektronisk integrasjon og maskinromsalarmer
Siv.ing. Sofía MarquinaFørstelektor i materialer, kompositter og korrosjonsbeskyttelse; koordinator for fagområdet avanserte malinger og belegg
Siv.ing. Tomás RieraFørstelektor i fremdrift, alternativ energi og hybridsystemer; koordinator for energiytelse og vibrasjonerMål for Fagdiplom i havgenomikk og miljø-DNA (eDNA)
Karrieremuligheter etter Fagdiplom i havgenomikk og miljø-DNA (eDNA)
Spørsmål om Fagdiplom i havgenomikk og miljø-DNA (eDNA)
Det er ikke nødvendig. Det brukes veiledede bioinformatikkverktøy, og de grunnleggende kommandoene forklares.
Ikke helt. Det er et utfyllende verktøy med fordeler og begrensninger som programmet analyserer.
Bare i begrenset grad; programmet forklarer hva som kan og ikke kan utledes.
Ja. Du analyserer offentlige sekvenseringsdatasett fra marine studier.
Du lager en komplett utforming av en eDNA-studie, fra prøvetaking til tolkning.
Helt på nett, gjennom en virtuell campus som er tilgjengelig døgnet rundt, med direktesendte økter som tas opp, og veiledning fra fagteamet.
Fagdiplomet omfatter 800 studietimer fordelt på 8 moduler på rundt 100 timer hver og avsluttes med en praktisk case. Du kan gå fram i ditt eget tempo innenfor tidsplanen som fastsettes når du melder deg på.
Flere programmer innen Biologi og bevaring
Opptaksprosess
Du trenger ikke vente på å bli ringt opp. Er dokumentene dine i orden, kan du melde deg på i samme økt.
- Profil: for personer med utdanning i biologi, marine fag eller miljøfag som vil legge genomiske verktøy til kompetansen sin, teknikere innen miljøovervåking som søker ikke-invasive prøvetakingsmetoder, forvaltere av marine verneområder som må overvåke arter og naturtyper, fagfolk innen fiskeri og havbruk med interesse for artsbestemmelse og forskere som vil bruke eDNA i prosjektene sine. En grad i biologi, marine fag, miljøfag, bioteknologi eller et beslektet felt, eller yrkeserfaring fra miljøovervåking eller laboratoriearbeid, anbefales.
- Språk: gode nok norskkunnskaper til å følge undervisningen og den tekniske dokumentasjonen.
- Tekniske ressurser: en datamaskin med stabil internettforbindelse, en oppdatert nettleser og et kamera til direktesendte økter og prosjektpresentasjoner.
- Opptak: søknad på nett, gjennomgang av profilen din og et kort intervju med fagteamet.
- 01SøknadPersonopplysninger, bakgrunn og dokumenter.
- 02Umiddelbar gjennomgangVi sjekker at alt er komplett og i orden.
- 03PåmeldingVelg engangsbetaling eller delbetaling og sikre deg plassen.
Opptaket er foreløpig til komiteen har godkjent dokumentene du har sendt inn. Oppfyller du ikke kravene, får du hele beløpet tilbake.
Spør oss før du melder deg på
Legg igjen kontaktinformasjonen din, så skriver opptakskontoret til deg og svarer på det du lurer på. Er du allerede sikker, kan du søke og betale i samme økt.